Em 2013, motivados pela ausência de cursos de extensão em Ecologia e uma lacuna na formação de alunos de graduação em relação à Ecologia, um grupo de alunos do PPGE-USP se mobilizou para organizar a primeira edição da Escola de Ecologia da USP.

Essa primeira edição contou com 261 inscritos de quase 100 instituições, do Brasil, América do Sul e Europa. 

Na primeira edição EcoEscola, o módulo I contou com quatro simpósios, cada um composto por 5 a 8 palestras ministradas por professores e pós-graduandos do Programa de Ecologia da USP. 

Os temas dos simpósios foram: Ecologia de Populações, Ecologia de Comunidades, Ecologia Evolutiva e Princípios de Conservação. No módulo II, cada um dos cinco grupos de participantes desenvolveu um mini projeto de pesquisa, com modelos de estudo tão variados quanto galhas, epífitas, tesourinhas e anuros.

Dois alunos que participaram da primeira EcoEscola foram aprovados no PPGE em 2014, enquanto vários outros passarem em programas de outras instituições. Dois resumos de projetos realizados durante a EcoEscola foram publicados em congressos: o II International Symposium of Ecology and Evolution (IIEcoEvol) e o III Congresso Internacional de Ciência, Tecnologia e Desenvolvimento (III CICTED).